Dawgpaws. Auxilia um grupo de trabalho de anotação distribuído (DAWG) na anotação da sequência de contigs do tamanho do BAC
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Dawgpaws. Classificação e resumo

Dawgpaws. Tag

seqüência anotar gene anotação gene Anotar genes ANOTAÇÃO DE SEQUÊNCIA.

Dawgpaws. Descrição

Auxilia um grupo de trabalho de anotação distribuído (DAWG) na anotação da sequência de contigs do tamanho do BAC DawGpaws é um conjunto de programas de linha de comando escrito em Perl que acelera a anotação de genes e elementos transponíveis em genomas de plantas, automatizando o processo de execução de programas de anotação e facilitando a curação de anotação de evidências combinadas. Esse conjunto de software foi inicialmente escrito para anotar trigo aleatoriamente amostrado Bacs, é referido como um gasoduto para anular seqüências de trigo (patas). Embora esses programas tenham sido inicialmente projetados para o trigo, os scripts também podem ser facilmente aplicados a quase qualquer pipeline de anulação de sequência eucariótica. Os scripts nesta suíte são projetados para facilitar a alta geração de resultados computacionais para a anotação do gene e a anotação de elemento transponível usando um número de programas de anotação de sequência existentes. Esses resultados são convertidos da saída nativa dos programas de anotações individuais para o formato de arquivo GFF padrão. Como um arquivo GFF é um arquivo simples de texto delmited, vários resultados computacionais para uma única sequência podem ser facilmente concatenados juntos usando ferramentas de maninpulação de texto padrão, como gato; Prova de que gatos e dawgs podem jogar bem juntos. DawGpaws fornece ferramentas adicionais para facilitar o uso da ferramenta de curadoria de anotação do Genoma Apollo para visualização e curação dos resultados computacionais. Aqui estão algumas características principais de "Dawgpaws": · Manipulação de arquivos FASTA para preparar seqüências para o pipeline de anotação · Anotação de lacunas nos conjuntos de seqüência · Execução de programas de anotação de anotação do AB initio gene e programas de anotação transponíveis em um pipeline de alta taxa de transferência · Pipeline de explosão adequado para uso em uma estrutura de computação de cluster · Conversão de saída do software de anotação para o formato de arquivo GFF comum · Conversão de arquivos GFF para o formato Game.xml · Ajuda está disponível em todos os programas de linha de comando usando sinalizadores de linha de comando. Ajuda info e arquivos manuais completos ainda estão em desenvolvimento para alguns programas · Páginas manuais para os programas individuais estão disponíveis no site dawgpaws e estão incluindo no download da LIBETA-1.0 do Suite Dawgpaws.

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